Suomen kirkkohistoriallisen seuran toiminta kohdistuu tieteelliseen julkaisutyöhön, julkaisujen myyntiin ja markkinointiin, kirkkohistorian uusimpia tutkimustuloksia esittelevään kokoustoimintaan sekä kirkkohistoriallisen tutkimuksen kannalta arvokkaan arkistoaineksen kokoamiseen ja tallentamiseen.
Seura julkaisee mahdollisuuksien mukaan vuosittain 2–4 tieteellistä monografiaa sekä vuosikirjan. Jokaisesta monografiasta tehdään erillinen julkaisupäätös asiantuntijalausuntojen perusteella. Vuosikirjaan tarkoitetut artikkelit, katsaukset ja kulttuuriarvostelut toimitetaan vuosikirjan toimittajille.
Seura järjestää maalis- ja marraskuun ensimmäisenä maanantaina Uuden tutkimuksen illan ajankohtaisista tutkimusaiheista. Lisäksi tammikuisen vuosijuhlan yhteydessä Pyhän Henrikin päivänä 19. tammikuuta tai sen lähipäivinä järjestetään vuosijuhlaesitelmä. Seura jakaa vuosijuhlassaan pro gradu -palkinnon.
Suomen kirkkohistoriallinen seura on jäsen seuraavissa organisaatioissa:
- Tieteellisten seurain valtuuskunta (TSV)
- Suomen tiedekustantajien liitto ry
- Commission Internationale d’Histoire et d’Etudes du Christianisme ( CIHEC )
- Tilaushistoriakeskus